انطلاقًا من الأهداف العامة والغايات النبيلة للجامعة الوطنية الصومالية تسعى الكلية إلى تحقيق الأهداف الآتية
تكوين علماء متمكنين في تخصصاتهم العلمية في مجالي العلوم الإسلامية والعربية بتأهيلهم تأهيلًا أنموذجيًا متميزًا وتعليمهم تعليما نوعيًا .
تخريخ كوادر مؤهلة للقيام بمسؤولياتهم تجاه دينهم وأمتهم ووطنهم .
الإسهام في بناء شخصية الطالب وصقلها ورفع مستوى وعيه، وتنمية قدراته ومواهبه وتوسيع أفقه؛ لإيجاد جيل معتز بقيمه ومبادئه وتراثه، ومسهم في إعادة بناء بلده وإرجاع الثقة والأمل إلى مجتمعه .
المشاركة الفعالة في تبليغ الدين الإسلامي ونشره وتقوية لغة القرآن الكريم، والحفاظ على القيم الأصييلة للمجتمع الصومالي المسلم المستمدة من دينه الحنيف .
إعداد البحوث العلمية القيمة في مجالات العلوم الإسلامية والعربية، وتشجيع الباحثين بذلك، وتدريب الطلبة على البحث العلمي ونشر ثقافته .
الحرص على الأصالة والمعاصرة في نقل المعارف والخبرات للطلبة باستخدام منهج يجمع بين طرق تدريس العلماء المتقدمين والمعاصرين .
غرس الروح الإسلامية في نفوس الطلبة ورفع مستوى التدين والوازع الديني لدى الجميع، وتعميق فهم الإسلام الصحيح مع التحذير من الانحراف الفكري والعقدي والمذاهب والأفكار الهدامة .
ترسيخ منهج الوسطية والاعتدال بين أوساط الطلبة، ومراعاة آداب الخلاف في الشريعة الإسلامية .
مواكبة التقدم العلمي الحاصل في العلوم الإسلامية والعربية، والحرص على تفعيل دور الكلية، وجعله دورًا طليعيًا رائدًا .